Como jogador, Wagner atuou por 13 anos. Já na função de preparador de goleiros, começou no Botafogo, onde ficou entre os anos de 2000 e 2002. Passou pelo Bangu entre 2003 e 2005. Teve a primeira passagem pelo Flamengo em 2005, quando ficou até 2015. Em 2016, foi trabalhar no Tianjin Quanjian FC, da China. Em 2018 teve uma passagem pela Chapecoense. Entre 2019 e 2021, retornou ao Flamengo.

Na galeria de títulos, tem as seguintes conquistas pelo Flamengo: campeão da Copa do Brasil (2013), bicampeão carioca (2014 e 2015), Florida Cup (2019), Tricampeão carioca (2019, 2020 e 2021), Bicampeão brasileiro (2019 e 2020), Bicampeão da Supercopa do Brasil (2020 e 2021), Campeão da Libertadores da América (2019) e Campeão da Recopa Sul-Americana (2020).

Trabalhou com os treinadores Vanderlei Luxemburgo, Oswaldo de Oliveira, Mano Menezes, Dorival Júnior, Jorginho, Ney Franco, Cristóvão Borges, Jayme de Almeida, Gilson kleina, Abel Braga, Jorge Jesus, Domènec Torrent, Rogério Ceni e Renato Gaúcho.