Filiado ao Partido Socialista Brasileiro (PSB). Foi o candidato a deputado federal mais votado nas eleições de 2018 em Maceió, obtendo 89.376 votos, conseguindo também ser o mais votado no estado cravando a marca de 178.645. Foi deputado estadual aos 23 anos de idade e se destacou com um mandato proativo.

Entre as ações desempenhadas, destacam-se a criação da Comissão de Ciência e Tecnologia, Parlamento Jovem, Comissão de Defesa do Consumidor e Contribuinte, Comissão Especial das Enchentes e denúncias de irregularidades que mais tarde culminariam com o afastamento da Mesa Diretora, então presidida pelo deputado Fernando Toledo (PSDB).

Em junho de 2013, João Henrique apresentou documentos que indicavam possíveis irregularidades na movimentação bancária da Assembleia Legislativa. Segundo o deputado, R$ 4,7 milhões teriam sido sacados sem justificativa no ano de 2011. Foi eleito deputado federal em 2014, para a 55.ª legislatura (2015-2019), quando se elegeu nas eleições daquele ano como Deputado Federal mais votado de Alagoas, conseguindo mais de 68 mil votos apenas na capital. Nas eleições de 2016, ficou em terceiro lugar como candidato a prefeito pelo PSB, obtendo 21,78% dos votos válidos (menos de 3% de diferença para o segundo colocado Cícero Almeida do PMDB) na disputa contra Rui Palmeira que obteve mais de 46%.

É considerado um parlamentar atuante e influente no âmbito do Congresso Nacional, com trânsito livre no Palácio do Planalto e Ministérios. Bem articulado, jovem com vasta experiência do processo legislativo e exímio negociador político.